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異硫氰酸熒光素（FITC）是熒光素的一種衍生物，廣泛應用于流式細胞儀等領域。FITC 是原始熒光素分子的功能化異硫氰酸酯活性基團（-N=C=S），取代了結構底環上的一個氫原子。這種衍生物對親核物具有反應性，包括蛋白質上的胺和巰基。
琥珀酰亞胺酯官能團連接到熒光素核心，形成 "NHS-熒光素"，形成另一種常見的胺反應衍生物，在其他親核劑存在的情況下，對伯胺具有更強的特異性。
FITC 的激發和發射光譜峰值波長約為 495 納米/519 納米，因此呈綠色。與大多數熒光染料一樣，它容易發生光漂白。由于存在光漂白問題，熒光素的衍生物（如 Alexa 488 和 DyLight 488）已被定制用于需要更高光穩定性、更高熒光強度或不同附著基團的各種化學和生物應用。